← Ver trilha completa Genômica e Proteômica na Pesquisa em Biologia Oral: Sequenciamento de Nova Geração (NGS), Metagenômica, Espectrometria de Massas e Biologia de Sistemas

Célula 05: Proteogenômica, Modificações Pós-Traducionais (PTMs) e o Secretoma Oral

Estudo avançado da integração trans-ômica proteogenômica, diversidade de modificações pós-traducionais e biologia de vesículas extracelulares: 1. O Conceito e Fluxo de Trabalho da Proteogenômica: a utilização de dados de sequenciamento de RNA (RNA-seq) e mutações genômicas específicas de amostras de pacientes para construir bancos de dados de busca proteômica customizados (Custom FASTA); identificação direta de **peptídeos variantes (*single amino acid variants - SAAVs*)**, produtos de fusões gênicas oncológicas e transcritos de pseudogenes ou regiões não-codificantes que são ativamente traduzidos; 2. O Espectro das Modificações Pós-Traducionais (PTMs) na Cavidade Oral: a imensa diversidade molecular que modula a atividade biológica, localização subcelular e degradação de proteínas; 3. A Fosfoproteômica Global na Biologia Tumoral Oral: regulação de redes de sinalização intracelular por fosforilação transitória de resíduos de serina (S), treonina (T) e tirosina (Y); enriquecimento bioquímico de fosfopeptídeos a partir de digeridos proteicos complexos utilizando **cromatografia de afinidade com íons metálicos imobilizados (Fe-NTA)** e microesferas de dióxido de titânio (**TiO2**); identificação das vias hiperativas de receptores tirosina-quinase (EGFR, c-Met), MAP quinases e via PI3K/Akt/mTOR no carcinoma oral invasivo; 4. Glicoproteômica e a Arquitetura da Mucosa e Saliva: mapeamento de N-glicosilações (ligadas a asparaginas em motivos Asn-X-Ser/Thr) e O-glicosilações densas (ligadas a serina e treonina em mucinas salivares); o papel da **MUC5B** (mucina polimérica de alto peso molecular formadora de gel viscoso lubrificante) e **MUC7** (mucina monomérica de baixo peso molecular com potente ancoragem de sIgA e histatinas); enriquecimento de glicopeptídeos por lectinas e HILIC; 5. A Citrulinação de Proteínas e o Eixo Periodontite-Artrite Reumatoide: a desamidação enzimática irreversível de resíduos de arginina em citrulina gerando alteração conformational de carga neutra; o papel singular da enzima bacteriana **PPAD (*Porphyromonas Peptidylarginine Deiminase*)** secretada por *P. gingivalis*, que citrulina tanto proteínas bacterianas quanto proteínas da matriz extracelular do hospedeiro (colágeno e fibrinogênio), desencadeando a quebra de tolerância imunológica periférica e a geração dos patognomônicos autoanticorpos anti-proteínas citrulinadas (**ACPA**) que atacam a sinóvia articular; e 6. O Secretoma Celular e as Vesículas Extracelulares Orais: caracterização do proteoma solúvel secretado e do proteoma carreado por **exossomos salivares** e vesículas de células-tronco (DPSCs); imunofenotipagem de marcadores tetraspaninas clássicos (**CD9, CD63 e CD81**); e o papel das vesículas como carreadoras de RNAs reguladores e proteoformas biologicamente ativas no diálogo parácrino mucosa-estroma.

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1. Circunstância (O Desafio no Mundo Real)

<p>Um consórcio de pesquisa em reumatologia translacional e estomatologia investiga o soro e o fluido crevicular gengival de pacientes com periodontite crônica avançada que desenvolveram diagnóstico precoce de Artrite Reumatoide soropositiva. A hipótese central é que a bactéria periodontal Porphyromonas gingivalis utiliza sua enzima exclusiva PPAD para citrulinar proteínas teciduais no periodonto, gerando neoepítopos imunogênicos que induzem autoanticorpos ACPA circulantes. O imunobiologista e proteomicista precisa isolar o proteoma tecidual gengival, executar a análise fosfoproteômica e citrulinômica por nanoLC-MS/MS configurando uma busca com modificação pós-traducional de desamidação (+0,984 Da) em argininas, comprovar a presença de peptídeos citrulinados endógenos e bacterianos e isolar exossomos salivares enriquecidos em marcadores CD63/CD81 para validação de biomarcadores.</p>

2. Fundamentos & Conceito Central (Estudos)

A complexidade funcional do sistema biológico humano não pode ser decifrada apenas pelo genoma linear ou pela identificação primária de sequências peptídicas puras. A Proteogenômica e o estudo das Modificações Pós-Traducionais (PTMs) representam a mais alta resolução molecular da biologia contemporânea, revelando como as proteínas são alteradas quimicamente após sua síntese ribossomal para ligar, desligar ou redirecionar cascatas de sinalização celular na mucosa oral e na microbiota associada.

1. O Conceito e o Pipeline da Proteogenômica

Classicamente, os espectros de fragmentação de massas (MS2) são buscados contra bases de dados universais canônicas (como UniProt/Swiss-Prot). No entanto, essas bases de referência genéricas não contêm as mutações somáticas específicas, polimorfismos individuais e isoformas de splicing alternativo exclusivas de um determinado paciente:

A Abordagem Proteogenômica: O RNA da me...

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